<?xml version="1.0" encoding="utf-8"?>
<journal>
<title>ALKHAS;The Journal of Environment, Agriculture and Biological Sciences</title>
<title_fa>آلخاص؛ نشریه محیط زیست ،کشاورزی و علوم زیستی</title_fa>
<short_title>alkhass</short_title>
<subject>Agriculture</subject>
<web_url>http://alkhass.srpub.org</web_url>
<journal_hbi_system_id>1</journal_hbi_system_id>
<journal_hbi_system_user>admin</journal_hbi_system_user>
<journal_id_issn></journal_id_issn>
<journal_id_issn_online>2717-2155</journal_id_issn_online>
<journal_id_pii></journal_id_pii>
<journal_id_doi>10.29252/alkhass</journal_id_doi>
<journal_id_iranmedex></journal_id_iranmedex>
<journal_id_magiran></journal_id_magiran>
<journal_id_sid></journal_id_sid>
<journal_id_nlai></journal_id_nlai>
<journal_id_science></journal_id_science>
<language>en</language>
<pubdate>
	<type>jalali</type>
	<year>1400</year>
	<month>5</month>
	<day>1</day>
</pubdate>
<pubdate>
	<type>gregorian</type>
	<year>2021</year>
	<month>8</month>
	<day>1</day>
</pubdate>
<volume>3</volume>
<number>3</number>
<publish_type>online</publish_type>
<publish_edition>1</publish_edition>
<article_type>fulltext</article_type>
<articleset>
	<article>


	<language>en</language>
	<article_id_doi></article_id_doi>
	<title_fa>&quot;این مقاله به درخواست نویسندگان پس گرفته شده است&quot;: غربالگری درون‌رایانه‌ای هیسپولون و آنالوگ های آن: فارماکوکینتیک و مطالعات داکینگ مولکولی با آنزیم سیکلوکسیژناز-2</title_fa>
	<title>“This article has been retracted at the request of the authors&quot;: In Silico Screening of Hispolon and its Analogs: Pharmacokinetics and Molecular Docking Studies with Cyclooxygenase-2 Enzyme</title>
	<subject_fa></subject_fa>
	<subject></subject>
	<content_type_fa></content_type_fa>
	<content_type></content_type>
	<abstract_fa>هیسپولون (H) یک نوع فنل طبیعی از ترکیب فعال زیستی با فعالیت های بیولوژیکی متنوع است. اثر ضد درد هیسپولون به دلیل مهار بیوسنتز پروستاگلاندین ها است. با این حال، اساس مولکولی این مهار کشف نشده است. بنابراین، ما تحقیقات نظری را برای ارزیابی اساس مولکولی اثر ضد درد هیسپولون با اتصال با سیکلواکسیژناز 2 (COX-2) انجام داده&#8204;ایم. علاوه بر این، ما غربالگری درون&#8204;رایانه&#8204;ای یک کتابخانه ترکیبی متشکل از 1699 ترکیب برای دریافت مهارکننده&#8204;های جدید COX-2 با خواص فارماکوکینتیک و ضد درد بهتر انجام داده&#8204;ایم. مطالعه Docking بر روی AutoDock vina در PyRx 0.8 انجام شد و خواص شبه دارو توسط MarvinSketch 15.6.29 محاسبه شد. علاوه بر این، خواص فارماکوکینتیک در سرور آنلاین PreADMET (https://preadmet.bmdrc.kr/) محاسبه شد. در تحقیقات کنونی غربالگری مجازی ما بر اساس جستجوی شباهت ساختاری، 1699 ترکیب را ارائه داد که برای اتصال مولکولی با COX-2 قرار گرفتند. این ترکیبات بر اساس میل ترکیبی و موقعیت های اتصال فیلتر شدند که 699 ترکیب به دست آمد. علاوه بر این، مرتب سازی بر اساس خواص شبه دارو، فهرستی از هفت ترکیب (H1، H2، H3، H4، H5، H6 و H7) را تولید کرد. مطالعه فارماکوکینتیک ددرون&#8204;رایانه&#8204;ای نشان داد که این ترکیبات دارای جذب خوب از طریق روده انسان و نفوذپذیری متوسط ​​از طریق سلول Caco-2 هستند. علاوه بر این، نسبت Cbrain/Cblood این ترکیبات نشان دهنده نفوذپذیری متوسط ​​CNS به جز H3 و H5 است. پیش&#8204;بینی محاسباتی این ترکیبات به&#8204;عنوان سوبسترا برای گلیکوپروتئین P نشان داد که H3 ممکن است به عنوان بازدارنده و سوبسترا برای گلیکوپروتئین P عمل کند. علاوه بر این، اتصال مولکولی H و نتایج برتر انتخاب شده آن نشان داد که همه لیگاندها دارای میل اتصال متوسط ​​تا خوب (7.6- تا 8.9-Kcal/mol) هستند و از طریق برهمکنش آبگریز با Val509 مرتبط هستند. لیگاندهای H، H1، H2، H3، H4، و H7 می توانند حلقه معطر خود را در داخل ساختار جانبی COX-2 قرار دهند که برای قرارگیری گروه های سولفونامید و متیل سولفون به ترتیب برای سلکوکسیب و روفکوکسیب مشابه است. بنابراین، انتظار می&#8204;رود که این لیگاندها با مسدود کردن انتخابی بیوسنتز پروستاگلاندین&#8204;ها با واسطه COX-2، اثر ضددردی خود را اعمال کنند. خواص محاسبه شده ما ممکن است به توسعه مشتقات هیسپولون با فعالیت فارماکوکینتیک و مهار COX-2 بهتر کمک کند.</abstract_fa>
	<abstract>Hispolon (H) is a natural phenolic type of bioactive compound with diverse biological activities. The analgesic action of hispolon is due to the inhibition of prostaglandins biosynthesis.&amp;nbsp; However, the molecular basis of this inhibition has not been explored. Therefore, we have performed theoretical investigations to evaluate the molecular basis of analgesic action of hispolon by docking with cyclooxygenase 2 (COX-2). Further, we have conducted high throughput in silico screening of a compound library consisting of 1699 compounds to get novel COX-2 inhibitors with better pharmacokinetic and analgesic properties. The docking study was conducted on AutoDock vina in PyRx 0.8 and the drug-like properties were calculated by MarvinSketch 15.6.29. Further, the pharmacokinetic properties were computed on online server PreADMET (https://preadmet.bmdrc.kr/). In the current investigations our virtual screening based on structure similarity search afforded 1699 compounds which were subjected for molecular docking with COX-2. These compounds were filtered based on binding affinity and binding poses which yielded 699 compounds. Further, sorting out based on drug-like properties produced a list of seven compounds (H1, H2, H3, H4, H5, H6 and H7). The in silico pharmacokinetic study revealed that these compounds possess good human intestinal absorption and moderate permeability through Caco-2 cell. Further, the Cbrain/Cblood ratio of these compounds indicate moderate penetrability of CNS except H3 and H5. The computational prediction of these compounds as substrates for P glycoprotein showed that H3 may act as both inhibitor and substrate for P glycoprotein. Moreover, molecular docking of H and its selected top hits revealed that all the ligands possess moderate to good binding affinity (-7.6 to -8.9 Kcal/mol) and associate with Val509 via hydrophobic interaction. Ligands H, H1, H2, H3, H4, and H7 can accommodate their aromatic ring inside the side pocket of COX-2 which is similar for accommodation of sulfonamide and methyl sulfone groups for celecoxib and rofecoxib, respectively. Therefore, it is expected that these ligands may exert their analgesic action by selectively blocking the biosynthesis of prostaglandins mediated by COX-2. Our computed properties may assist to develop hispolon derivatives with better pharmacokinetic and COX-2 inhibitory activity.</abstract>
	<keyword_fa>هیسپولون, لنگر انداختن مولکولی, شباهت ساختار, خواص شبیه دارو, خواص فارماکوکینتیک</keyword_fa>
	<keyword>Hispolon, Molecular docking, Structure similarity, Drug-like properties, Pharmacokinetic properties.</keyword>
	<start_page>1</start_page>
	<end_page>11</end_page>
	<web_url>http://alkhass.srpub.org/browse.php?a_code=A-10-2-72&amp;slc_lang=en&amp;sid=4</web_url>


<author_list>
	<author>
	<first_name>Mohadese </first_name>
	<middle_name></middle_name>
	<last_name>Mohammadi</last_name>
	<suffix></suffix>
	<first_name_fa>محدثه</first_name_fa>
	<middle_name_fa></middle_name_fa>
	<last_name_fa>محمدی</last_name_fa>
	<suffix_fa></suffix_fa>
	<email></email>
	<code>1003194753284600443</code>
	<orcid>1003194753284600443</orcid>
	<coreauthor>Yes
</coreauthor>
	<affiliation>Department of Chemistry, Tehran University, Tehran, Iran.</affiliation>
	<affiliation_fa>گروه شیمی، دانشگاه تهران، تهران، ایران.</affiliation_fa>
	 </author>


	<author>
	<first_name>Mohammad </first_name>
	<middle_name></middle_name>
	<last_name>Firoz Khan</last_name>
	<suffix></suffix>
	<first_name_fa></first_name_fa>
	<middle_name_fa></middle_name_fa>
	<last_name_fa></last_name_fa>
	<suffix_fa></suffix_fa>
	<email></email>
	<code>1003194753284600444</code>
	<orcid>1003194753284600444</orcid>
	<coreauthor>No</coreauthor>
	<affiliation>Department of Microbiology, Monash University, Melbourne, Australia</affiliation>
	<affiliation_fa>گروه میکروبیولوژی، دانشگاه موناش، ملبورن، استرالیا.</affiliation_fa>
	 </author>


	<author>
	<first_name>Ridwan </first_name>
	<middle_name></middle_name>
	<last_name>Bin Rashid</last_name>
	<suffix></suffix>
	<first_name_fa>رضوان</first_name_fa>
	<middle_name_fa></middle_name_fa>
	<last_name_fa>بن راشد</last_name_fa>
	<suffix_fa></suffix_fa>
	<email></email>
	<code>1003194753284600445</code>
	<orcid>1003194753284600445</orcid>
	<coreauthor>No</coreauthor>
	<affiliation>Computational Chemistry and Bioinformatics Laboratory, Department of Pharmacy, State University of Bangladesh, Dhaka- 1205, Bangladesh.</affiliation>
	<affiliation_fa>آزمایشگاه شیمی محاسباتی و بیوانفورماتیک، گروه داروسازی، دانشگاه دولتی بنگلادش، داکا- 1205، بنگلادش.</affiliation_fa>
	 </author>


	<author>
	<first_name>Sina </first_name>
	<middle_name></middle_name>
	<last_name>Mirzaie Nokhostin</last_name>
	<suffix></suffix>
	<first_name_fa>سینا</first_name_fa>
	<middle_name_fa></middle_name_fa>
	<last_name_fa>میرزایی نخستین</last_name_fa>
	<suffix_fa></suffix_fa>
	<email></email>
	<code>1003194753284600446</code>
	<orcid>1003194753284600446</orcid>
	<coreauthor>No</coreauthor>
	<affiliation>Department of Electronics, Faculty of Electrical and Computer Engineering, Tehran University, Tehran, Iran</affiliation>
	<affiliation_fa></affiliation_fa>
	 </author>


	<author>
	<first_name> Mohammad </first_name>
	<middle_name></middle_name>
	<last_name>A. Rashid</last_name>
	<suffix></suffix>
	<first_name_fa>محمد</first_name_fa>
	<middle_name_fa></middle_name_fa>
	<last_name_fa>ع.رشید</last_name_fa>
	<suffix_fa></suffix_fa>
	<email></email>
	<code>1003194753284600447</code>
	<orcid>1003194753284600447</orcid>
	<coreauthor>No</coreauthor>
	<affiliation>Department of Pharmaceutical Chemistry, University of Dhaka, Dhaka- 1000, Bangladesh.</affiliation>
	<affiliation_fa>گروه شیمی دارویی، دانشگاه داکا، داکا- 1000، بنگلادش.</affiliation_fa>
	 </author>


</author_list>


	</article>
</articleset>
</journal>
